Une charte des thèses définit les droits et les devoirs respectifs du doctorant d'une part, de son directeur de thèse ainsi que des structures d'accueil d'autre part, en rappelant la déontologie qui inspire les dispositions réglementaires en vigueur dans le respect de la diversité des disciplines, des établissements et des coutumes ou lois nationales. Concernant la Charte des thèses scientifiques dans l'espace francophone, la Conférence Internationale des Responsables des Universités et Institutions Scientifiques d'Expression Française (CIRUISEF), un des réseaux institutionnel soutenu par l'AUF préconise : item CIRUISEF 2009. À rajouter à toutes les Chartes de thèse du domaine scientifique de l'espace francophone. Le doctorant du domaine « Sciences et Technologie » doit rédiger durant sa première année de thèse (voire sa deuxième année) un texte de 1 à 4 pages précisant : les enjeux éthiques, sociétaux et environnementaux de la recherche qu'il effectue aujourd'hui et qu'il prépare pour demain. Cette réflexion personnelle scientifique et philosophique doit l'aider à mieux comprendre son rôle particulier d'Homme ou Femme de Sciences dans la Société et les responsabilités qui lui incombent.